江戸幕府の第12代征夷大将軍
御庭番には直接指示を与え、ゴヨウからも信頼を得ていた。
井伊直弼が飼う病魔により体調不良の中、ペリー来航による心身の消耗により嘉永6年（1853年）6月22日に死亡した。

開国派代表格の藩主。
日米修好通商条約の締結に尽力し、反対派を徹底的に弾圧した。
このことから「井伊の赤鬼」とも呼ばれ
黒船来航から6年後、桜田門外で暗殺される。

表だった外交・国防問題を担当していた老中。
時には御庭番とも連携して動くため、御庭番を知る数少ない存在。同僚とも上司とも言える。
家慶の命令に御庭番は従うと聞いた阿部は、万が一幕府の方針が変わっても命令を取り下げないことを察し、今回の件に関わらないことを伝えた。
これは幕府の方針が変わった時に、御庭番が逆賊として処分される可能性があり、巻き込まれないための処置である。

阿部 正弘の養子。
顔合わせとして今回初めて御庭番と出会う。
ゴヨウ飛脚の術に驚き、初対面は呆気に取られていた。

捕鯨船の寄港地とするため、鎖国状態だった日本に開国を求めたアメリカ軍人。
1回目の来航で家督を継ぐ家定が病弱で気弱な性格であることを知ったペリーは、井伊直弼に病魔を渡し、家慶の暗殺を目論んだ。家慶が死亡すると日本に引き返し、デモンを江戸に放ち混乱した幕府に開国か降伏かの二択を迫る。
御庭番の存在も認知しているが、外交に直接関わって来ないことを承知したペリーは日本に高圧的な態度を崩すことはなかった。

ペリーが乗るフリゲート艦の艦長。
直前になって命令を変えるペリーに振り回される苦労人。

幕府ご用達のお医者さん。

御庭番頭領、百目鬼 御用(どうめき ごよう)。
瞬時に場所を移動する飛脚の術を得意とし、江戸城内でも誰にも見られずに家康と会うことができた。
普段は諜報や破壊活動を主としているため、命令であれば暗殺も厭わない。故に御庭番は影であり決して正義ではない。本人は寡黙で忠誠心が非常に強い。
百鬼を従えられる忍びは過去を含めて稀で、優秀な忍びであることは間違いない。

かつて百の鬼を従えた妖怪。
多様な技や術を持たないが「術者の魂が強く脈動する限り、地面に伏することは無い」とされ、これは術者に戦う意志がある限り倒されることは無い不死身の能力を示唆している。
ただし痛みはあるため、術者は相当な精神力を必要とされる。また百鬼も妖怪のため朝日には弱く(デモンも同様)、夜限定の能力と言える。

千原 虫葉（ちはら むしば）
御庭番であるが、表だった役職は御広敷番(おひろしきばん)。これは江戸城の大奥の警備の役職である。
ポジティブでとっつき易く、ムードメーカー的存在。
若い子からはウザがられるけど、年上からはモテたりする。筋トレが趣味なので、筋肉への絶対的な信頼を持ち、忍術より肉弾戦を得意とする。
作中ではフリゲート艦から撃たれた大砲に吹き飛ばされ死亡した。

硬い表皮に毒針を持った妖怪。
毒針攻撃や透明化などの術を有しているが、今回のデモンは下級魔族のためそれらを披露する間もなく倒してしまった。
忍法『変心』には多くの精神力が必要で、2回以上変心できるのは作中で藍とゴヨウのみ。

古渦 地紋（こず じもん）
本来忍びでは無く、御庭番の中では異例の陰陽師。
淡々とした性格。呪いや呪文、妖怪に詳しく、ゴヨウに命じられて家慶の呪痕(じゅこん)の形跡を調査していた。
自身が陰陽師であることから変心を嫌っているが、呪文だけでどうにもならない時には変心を使う。

日本の土地を支えているとされる古い昆虫の妖怪。
虫の中で最上級の存在であり、虫に関する妖怪を眷属として呼び出せる九字蠱術(くじこじゅつ)が使用できる。単体としての戦闘力はほとんどない。

水神 藍(みずがみ あい)。
水神家の長女。
焙烙玉(ほうろくだま)と呼ばれる爆弾を体に複数隠し持っている。
ゴヨウに好意を持っており、他の男には淡々としている。

水に巣食う鬼であり、代々水神家に使役される妖怪。
細かな水の粒子を飛ばす蛇口(ジャコウ)やまとめた水を吐き出す梅雨柱(つゆばしら)など水に関する多彩な技を持つ。体術は向いていないので、ヒット&アウェイが基本戦術となるが、火力不足が否めないので、藍の持つ爆弾を使用することもある。

真夜中に寝室に忍び込み、夜這いをするデモン。
眠っている女性と勝手に交わり、子孫を残す。

サメ型のデモン

強い恐怖を与え、人間を殺人鬼に誘うデモン

サラトガ・D・スコッチ
使い魔である下級デモンを操りながら、自身もデモンに変身できるアメリカ軍人。
危険性が高いため、普段は黒船に幽閉されている。
愛国心が強い反面、他国を下げずむ傾向がある。
ゴヨウと生身で戦っても圧倒できるほど元々の戦闘力が高い。

サラトガが契約したデモン。
火を操る能力があり、火の壁、火の球、水蒸気を使った目眩しなど能力を使った多様な術を持つ。
能力自体はデモンのものだが、術はサラトガによって編み出されている。
自分の肉体を火の壁で覆っているため、通常の物理攻撃は効かない。
物理攻撃しかない百鬼にとって天敵だったが、天邪鬼によって炎の壁を消され、弱った状態を百鬼に討伐される。

徳川家慶の家督を継いだ将軍公。
病弱で気弱な性格で、元より政治に参加してこなかった。しかし、家慶の暗殺によって矢面に立つ事になる。
父の暗殺にペリーが関連しており、また、そのことを咎める術がないことを承知している。故にペリーを受け入れなければ、次は自分が病死として暗殺されることを恐れている中、江戸で騒ぎが起きる。そこにペリーに開国か降伏かを迫られ、思考停止した家定は送られてきた白旗を掲げて降伏した