西暦2030年。 突如として日本で起こった【バグ】の出現により、世界は混乱に陥った。 日本政府はバグへの対抗手段として、 【対バグ特務機関ガイア】を設立。 更に、バグに対抗するためガイアは【特殊軍事兵器イーヴ】を開発する。 そして、選ばれし少年、羽馬マコト(はねばまこと)はイーヴを装着しバグを完全絶滅させるため奮闘する。

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